PAM的分子量很高，且近年来还有较大提高。20世纪70年代应用的PAM，分子量一般为数百万;80年代以后，多数优质PAM的分子量在1500万以上，有些达到2000万。每一个这种PAM分子是由十万个以上的丙烯酰胺或丙烯酸钠分子聚合而成(丙烯酰胺的分子量为71，含十万个单体的PAM的分子量为710万)。通常，分子量高的PAM的絮凝性能较好，丙烯酰胺的分子量为71，含十万个单体的PAM的分子量为710万。

聚丙烯酰胺及其衍生物的分子量从几十万到一千万以上，根据分子质量可分为低分子量(100万以下)、中分子量(100万~1000万)、高分子量(1000万~1500万)、超分子量(1500万以上)。

PAM的离子度对它的使用效果有很大影响，但它的适宜数值需视所处理的物料的种类和性质而定，不同情况下会有不同的较佳值。如果所处理的物料的离子强度较高(含无机物较多)，所用PAM的离子度宜较高，反之则应较低。通常，阴离子度被称为水解度。而离子度一般特指阳离子。